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Bereits beim ersten Start eines Gerätes mit dem neuen Betriebssystem wird deutlich, dass Microsoft einen höheren Wert auf Sicherheit legt, denn der Anwender wird aufgefordert, ein Passwort für den Zugriffsschutz anzulegen.

Kleinere Änderungen gab es in der Benutzeroberfläche: So hat die Schließen-Schaltleiste (das Kreuz oben rechts) ein anderes Design erhalten, bringt aber weiterhin die gerade aktive Anwendung nur in den Hintergrund, beendet sie aber nicht. System-Meldungen poppen zudem nicht mehr oben als Sprechblasenmenü auf, sondern "schweben" am unteren Bildschirmrand.

Dem Konzept der Einhand-Bedienung folgend, kann der Anwender viele Funktionen ohne den Bedienstift auslösen. Dazu blendet das Betriebssystem jeweils Beschriftungen am unteren Bildschirmrand für zwei Hardwaretasten ein. Sie kennen das Konzept dieser "Softtasten" bestimmt schon von Ihrem Handy. Generell dürfen Sie nun auch mit der Navigationstaste am Gerät durch alle Menüs navigieren, ohne dauernd den Stift bemühen zu müssen.

Durch den ausfallsicheren Speicher bleiben alle Daten auch bei einem leeren Akku erhalten, ähnlich, wie man es bereits von Mobiltelefonen kennt.

Die mitgelieferte Office-Software wurde funktionsmäßig erheblich erweitert und haben einen neuen Namen erhalten. Pocket Word heißt nun Mobile Word und Pocket Excel Mobile Excel. In Mobile Excel lassen sich jetzt auch Tabellendaten als Grafiken visualisieren. Zudem bleiben in Mobile Word und Mobile Excel wesentlich mehr Formatierungen der PC-Versionen erhalten. Häufig bemängelt wurde bei den Vorgängerversionen von Windows Mobile 2005 das Fehlen eines PowerPoint-Anzeigers, der nun mit PowerPoint Mobile zur Verfügung steht.

Bereits für einige Geräte mit Pocket PC 2003 Second Edition und einigen Smartphones mit dem Betriebssystem Windows Mobile for Smartphone 2003 SE gehörte der Windows Media Player 10 zum Lieferumfang. Jetzt ist der Media Player 10 standardmäßig immer enthalten. Besonderheiten des neuen Media Players sind die verbesserte Bedienung, sowie die Unterstützung von DRM (Digital Rights Management).

Eine Generalüberholung erfuhr die Kontaktverwaltung, die es nun erlaubt, Kontakten auch Fotos zuzuweisen. In Fortführung der Kompatibilität zu Outlook auf dem PC sind statt 29 Eingabefeldern nun 37 Felder verfügbar. Allerdings kann man die Eingabefelder nicht umbenennen und das Anmerkungsfeld unterstützt keine handschriftlichen Notizen oder Sprachmemos mehr.